PRDM9

PRDM9
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4IJD, 5EGB, 5EH2, 5EI9
Ідентифікатори
Символи	PRDM9, MEISETZ, MSBP3, PFM6, PRMD9, ZNF899, PR domain 9, PR/SET domain 9, KMT8B
Зовнішні ІД	OMIM: 609760 MGI: 2384854 HomoloGene: 104139 GeneCards: PRDM9
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity; • transferase activity; • зв'язування з іоном металу; • nucleic acid binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • recombination hotspot binding; • histone-lysine N-methyltransferase activity; • sequence-specific DNA binding; • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; • chromatin DNA binding; • histone methyltransferase activity (H3-K4 specific); • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity;
Клітинна компонента	• нуклеоплазма; • внутрішньоклітинний; • клітинне ядро; • хромосома;
Біологічний процес	• meiotic gene conversion; • positive regulation of reciprocal meiotic recombination; • histone lysine methylation; • Метилювання; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • GO:0007126 мейоз; • transcription, DNA-templated; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K4 methylation;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	56979
	213389
	ENSG00000164256
	ENSMUSG00000051977
	Q9NQV7
	E9Q4V2
	NM_020227; NM_001310214; NM_001376900
	NM_144809; NM_001361436
	NP_001297143; NP_064612; NP_001363829
	NP_659058; NP_001348365
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PRDM9 (англ. PR/SET domain 9, PR domain zinc finger protein 9) – білок, який кодується геном PRDM9, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 894 амінокислот, а молекулярна маса — 103 376^[4]. Фермент, який здатен додавати три метильні групи до 4-го лізину H3-гістону (H3K4-3me, див. табл "Порівняння еу- та гетерохроматину")^[5]. Структурно Prdm9 має домен KRAB, та декілька тандемних цинкових пальців C2H2, що здатні зв'язуватися з ДНК^[6]. Функції Prdm9 полягають у триметилюванні H3K4 під час мейотичної профази, що є потрібною стадією для проходження мейозу. Проте білок Prdm9 не здатен до ди- та моно-метилювання 4-го лізину H3-гістону^[en].

Цей білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, регуляторів хроматину, метилтрансфераз. Задіяний у таких біологічних процесах, як регуляція транскрипції, мейоз. Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку, S-аденозил-L-метіоніном. Локалізований у ядрі, хромосомах.

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSPEKSQEES	PEEDTERTER	KPMVKDAFKD	ISIYFTKEEW	AEMGDWEKTR
YRNVKRNYNA	LITIGLRATR	PAFMCHRRQA	IKLQVDDTED	SDEEWTPRQQ
VKPPWMALRV	EQRKHQKGMP	KASFSNESSL	KELSRTANLL	NASGSEQAQK
PVSPSGEAST	SGQHSRLKLE	LRKKETERKM	YSLRERKGHA	YKEVSEPQDD
DYLYCEMCQN	FFIDSCAAHG	PPTFVKDSAV	DKGHPNRSAL	SLPPGLRIGP
SGIPQAGLGV	WNEASDLPLG	LHFGPYEGRI	TEDEEAANNG	YSWLITKGRN
CYEYVDGKDK	SWANWMRYVN	CARDDEEQNL	VAFQYHRQIF	YRTCRVIRPG
CELLVWYGDE	YGQELGIKWG	SKWKKELMAG	REPKPEIHPC	PSCCLAFSSQ
KFLSQHVERN	HSSQNFPGPS	ARKLLQPENP	CPGDQNQEQQ	YPDPHSRNDK
TKGQEIKERS	KLLNKRTWQR	EISRAFSSPP	KGQMGSCRVG	KRIMEEESRT
GQKVNPGNTG	KLFVGVGISR	IAKVKYGECG	QGFSVKSDVI	THQRTHTGEK
LYVCRECGRG	FSWKSHLLIH	QRIHTGEKPY	VCRECGRGFS	WQSVLLTHQR
THTGEKPYVC	RECGRGFSRQ	SVLLTHQRRH	TGEKPYVCRE	CGRGFSRQSV
LLTHQRRHTG	EKPYVCRECG	RGFSWQSVLL	THQRTHTGEK	PYVCRECGRG
FSWQSVLLTH	QRTHTGEKPY	VCRECGRGFS	NKSHLLRHQR	THTGEKPYVC
RECGRGFRDK	SHLLRHQRTH	TGEKPYVCRE	CGRGFRDKSN	LLSHQRTHTG
EKPYVCRECG	RGFSNKSHLL	RHQRTHTGEK	PYVCRECGRG	FRNKSHLLRH
QRTHTGEKPY	VCRECGRGFS	DRSSLCYHQR	THTGEKPYVC	REDE

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Див. також

Хромосома 5

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13994 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018. [Архівовано 2018-02-13 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q9NQV7 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018.
↑ Entrez Gene: PR domain containing 9.
↑ Thomas JH, Emerson RO, Shendure J (2009). Extraordinary molecular evolution in the PRDM9 fertility gene. PLoS ONE. 4 (12): e8505. doi:10.1371/journal.pone.0008505. PMC 2794550. PMID 20041164.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

Література

Jiang G.L., Huang S. (2000). The yin-yang of PR-domain family genes in tumorigenesis. Histol. Histopathol. 15: 109—117. PMID 10668202

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:13994 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018. [Архівовано 2018-02-13 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, Q9NQV7 (англ.) . Архів оригіналу за 13 лютого 2018. Процитовано 12 лютого 2018.

[entrez-5] Entrez Gene: PR domain containing 9.

[pmid20041164-6] Thomas JH, Emerson RO, Shendure J (2009). Extraordinary molecular evolution in the PRDM9 fertility gene. PLoS ONE. 4 (12): e8505. doi:10.1371/journal.pone.0008505. PMC 2794550. PMID 20041164.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

[3]

[4]

[5]

[6]

[1]

[2]